转录组组装怎么搞？Trinity带你飞！

各位编程爱好者，你们是否曾为转录组组装的难题而苦恼？今天，就让我来带你飞，用Trinity这个神器轻松搞定转录组组装！

一、Trinity转录组组装实操指南

首先，我们来一睹Trinity的芳容：

$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq --right sample1_2.clean.fastq sample2_2.clean.fastq --jaccard_clip --CPU 6 --SS_lib_type FR

这里的参数设置，需要根据你的转录组大小和内存情况进行调整。比如，–JM参数就需要根据你的内存大小来设定，越大越能节省时间。

接下来，让我们看看Trinity的输出结果，它通常以fasta格式保存，比如：

>comp6749_c0_seq1 len=328 path=[471:0-83 388:84-208 679:209-327]
>comp6749_c0_seq2 len=328 path=[304:0-83 388:84-208 679:209-327]
>comp6749_c0_seq3 len=245 path=[901:0-125 679:126-244]

这里可以看到，Trinity生成的结果为components，一个components可能有多个seq，相当于一个gene能有多个transcripts。

二、Trinity输出结果的统计分析

Trinity自带了一个程序TrinityStats.pl，可以用来统计components和transcripts的数目、大小和N50等。

$ $TRINITY_HOME/util/TrinityStats.pl trinity_out_dir/Trinity.fasta
Total trinity transcripts:	40138
Total trinity components:	31067
Percent GC: 61.31

三、将reads比对到转录组，并进行可视化

TRINITY_RNASEQ_ROOT/util/alignReads.pl可以调用bowtie将reads map到转录组，并可以设置链特异性参数。

$ TRINITY_RNASEQ_ROOT/util/alignReads.pl --left left.fq --right right.fq --seqType fq --target Trinity.fasta --aligner bowtie --retain_intermediate_files

结果中生成coordSorted和nameSorted的sam和bam文件。你可以将这些文件导入到IGV中作为genome，上载bam文件，从而可视化比对结果。

四、使用RSEM进行表达量计算

首先，需要下载最新版本的RSEM，安装并将程序加入到$PATH中。

$ wget http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/src/rsem-1.2.8.tar.gz
$ tar zxf rsem-1.2.8.tar.gz
$ cd rsem-1.2.8
$ make
$ echo